Arrêt maladie et droit aux congés payés : vos droits en 2026

L'arrêt maladie et le droit aux congés payés constituent l'une des zones de friction les plus fréquentes entre salariés et employeurs. En 2026, près de 34% des litiges prud'homaux portent sur le calcul et l'acquisition des congés payés pendant une période de suspension du contrat de travail pour cause de maladie. Cet article vous offre une analyse complète, actualisée au 3 mai 2026, de vos droits, des obligations de votre employeur et des recours possibles. Nous décortiquons la jurisprudence récente, les textes du Code du travail et les décisions du Conseil d'État pour vous guider pas à pas.

Arrêt maladie et congés payés : le cadre légal en 2026

Le droit aux congés payés est un droit fondamental du salarié, garanti par le Code du travail et par le droit de l'Union européenne. Cependant, la période d'arrêt maladie soulève des questions complexes quant à l'acquisition de ces droits. En 2026, le cadre légal a été précisé par plusieurs décisions majeures. L'article L3141-3 du Code du travail dispose que le salarié a droit à un congé de deux jours et demi ouvrables par mois de travail effectif chez le même employeur. Mais qu'en est-il du travail effectif lorsque le salarié est en arrêt ? La notion de "travail effectif" est au cœur du débat.

La Cour de cassation, dans un arrêt du 13 septembre 2023 (n° 22-17.340), avait déjà opéré un revirement majeur en jugeant que les périodes de suspension du contrat de travail pour maladie non professionnelle devaient être assimilées à du travail effectif pour l'acquisition des congés payés, dans la limite de 4 semaines par an. Cette jurisprudence a été confirmée et étendue par les décisions du Conseil d'État du 9 avril 2026 (n° CE-511699, n° CE-509298, n° CE-507528). Désormais, toute période d'arrêt maladie, qu'elle soit d'origine professionnelle ou non, ouvre droit à l'acquisition de congés payés, sans limitation de durée pour les accidents du travail et les maladies professionnelles.

Acquisition des congés payés pendant un arrêt maladie

La question centrale est de savoir si un salarié en arrêt maladie continue d'acquérir des congés payés. Avant la jurisprudence de 2023, la réponse était négative pour les maladies non professionnelles. Aujourd'hui, la donne a changé. Depuis le 1er janvier 2025, l'article L3141-5 du Code du travail a été modifié pour intégrer les périodes de suspension pour maladie non professionnelle comme périodes assimilées à du travail effectif, dans la limite de 4 semaines par an. Cela signifie que pour un arrêt de moins d'un mois, vous acquérez la totalité de vos droits à congés.

Pour les accidents du travail et les maladies professionnelles, l'article L3141-9 du Code du travail prévoit que toute la période d'arrêt est assimilée à du travail effectif, sans limitation de durée. Ainsi, un salarié en arrêt pour accident du travail pendant 6 mois continuera d'acquérir 2,5 jours ouvrables de congés par mois. Cette différence de traitement est justifiée par la nature de l'origine de l'arrêt. Il est essentiel de bien identifier la nature de votre arrêt pour connaître vos droits.

Les conditions d'acquisition en 2026

Pour bénéficier de l'acquisition de congés payés pendant un arrêt maladie, plusieurs conditions doivent être remplies. Premièrement, l'arrêt doit être médicalement justifié et transmis à l'employeur dans les délais légaux (48 heures). Deuxièmement, le salarié doit avoir une ancienneté d'au moins un an dans l'entreprise pour les arrêts non professionnels de plus de 4 semaines. Troisièmement, l'arrêt doit être continu ; des arrêts fractionnés peuvent être cumulés pour atteindre le seuil des 4 semaines. Enfin, la convention collective peut prévoir des dispositions plus favorables, ce qui est fréquent dans les branches professionnelles.

Le report des congés payés après un arrêt maladie

Un autre aspect crucial du lien entre arrêt maladie et droit aux congés payés est le report des congés non pris. Si votre arrêt maladie vous a empêché de prendre vos congés avant la fin de la période de référence (généralement le 31 mai), vous avez le droit de les reporter. L'article L3141-22 du Code du travail impose à l'employeur de vous permettre de prendre vos congés dans un délai de 15 mois après votre reprise. Ce délai a été confirmé par la Cour de cassation dans un arrêt du 21 septembre 2022 (n° 21-16.423).

En pratique, si vous êtes en arrêt du 1er mars au 30 juin 2026, vous n'avez pas pu prendre vos congés de la période 2025-2026. À votre reprise, votre employeur doit vous proposer de les prendre avant le 30 septembre 2027. S'il refuse, vous pouvez saisir le conseil de prud'hommes pour obtenir des dommages et intérêts. Le non-respect de cette obligation par l'employeur constitue un manquement grave à son obligation de sécurité et de santé au travail.

Procédure de report

Pour demander le report de vos congés payés après un arrêt maladie, vous devez adresser une demande écrite à votre employeur dès votre reprise. Il est conseillé de le faire par lettre recommandée avec accusé de réception ou par tout moyen conférant date certaine (email avec accusé de lecture). Votre employeur dispose d'un mois pour vous répondre. En cas d'absence de réponse ou de refus, vous pouvez consulter un avocat spécialisé en droit du travail pour engager une action.

Arrêt maladie d'origine professionnelle vs non professionnelle

La distinction entre arrêt maladie d'origine professionnelle et non professionnelle est fondamentale pour déterminer l'étendue de vos droits aux congés payés. Comme évoqué, l'acquisition est illimitée pour les accidents du travail et les maladies professionnelles (AT/MP), tandis qu'elle est plafonnée à 4 semaines par an pour les maladies non professionnelles. Cette différence s'explique par la volonté du législateur de protéger davantage les salariés victimes de leur travail.

L'article L3141-9 du Code du travail précise que "les périodes de suspension du contrat de travail consécutives à un accident du travail ou à une maladie professionnelle sont considérées comme des périodes de travail effectif pour la détermination de la durée du congé". Aucune limite n'est fixée. En revanche, pour les maladies non professionnelles, l'article L3141-5 limite cette assimilation à 4 semaines. Il est donc crucial de faire reconnaître le caractère professionnel de votre pathologie pour bénéficier de droits étendus.

Comment faire reconnaître le caractère professionnel ?

Si vous estimez que votre arrêt maladie est dû à votre travail, vous devez effectuer une déclaration d'accident du travail ou de maladie professionnelle auprès de votre CPAM dans les 15 jours suivant l'arrêt. L'employeur dispose également de 48 heures pour déclarer tout accident survenu dans le cadre du travail. En cas de refus de la CPAM, vous pouvez contester cette décision devant le tribunal judiciaire (pôle social). Un avocat spécialisé en droit de la sécurité sociale vous assistera dans cette procédure.

"La reconnaissance du caractère professionnel d'une pathologie est une étape clé. Elle ouvre non seulement des droits à une indemnisation plus favorable, mais aussi à une acquisition illimitée de congés payés. Ne négligez jamais cette démarche."

Maître Sophie Delacroix, avocat spécialisé en droit du travail et de la sécurité sociale

Calcul des congés payés en cas d'arrêt maladie

Le calcul des congés payés acquis pendant un arrêt maladie obéit à des règles précises. En France, le droit à congé est de 2,5 jours ouvrables par mois de travail effectif, soit 30 jours ouvrables par an (5 semaines). Pour un arrêt maladie non professionnel de 4 semaines (28 jours), vous acquerrez donc 2,5 jours de congés. Pour un arrêt de 3 mois (90 jours), vous acquerrez 7,5 jours (3 x 2,5). Pour un accident du travail de 6 mois, vous acquerrez 15 jours de congés.

Le mode de calcul peut varier selon que l'entreprise utilise le décompte en jours ouvrables ou en jours ouvrés. En jours ouvrés (du lundi au vendredi), le droit est de 2,08 jours par mois (25 jours par an). L'indemnité de congés payés est calculée selon la règle du 1/10e de la rémunération brute perçue pendant la période de référence, ou selon le maintien de salaire (si plus favorable). Pendant l'arrêt, les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) ne sont pas considérées comme du salaire pour le calcul des congés, mais les périodes d'arrêt sont bien prises en compte pour l'acquisition des jours.

Exemple concret de calcul

Prenons l'exemple de Madame Dupont, salariée en arrêt maladie non professionnel du 1er janvier 2026 au 31 mars 2026 (90 jours). Elle acquiert 2,5 jours par mois, soit 7,5 jours de congés payés pour cette période. Son salaire brut mensuel est de 3 000 €. L'indemnité de congés payés pour ces 7,5 jours sera de (3 000 € x 3 mois) / 10 = 900 €, ou selon le maintien de salaire (7,5 jours x 100 € par jour = 750 €). La règle la plus favorable (900 €) sera retenue. Cet exemple illustre l'importance de bien comprendre les mécanismes de calcul.

Que faire en cas de refus de l'employeur ?

Il arrive que certains employeurs refusent d'accorder des congés payés acquis pendant un arrêt maladie, en arguant d'une ancienne jurisprudence ou d'une mauvaise interprétation des textes. Face à ce refus, plusieurs recours s'offrent à vous. La première étape est le dialogue : adressez un courrier à votre employeur en rappelant les articles L3141-3 et L3141-5 du Code du travail, ainsi que la jurisprudence du Conseil d'État d'avril 2026. Si cela ne suffit pas, vous pouvez saisir le conseil de prud'hommes.

La saisine du conseil de prud'hommes se fait par requête (formulaire Cerfa) ou par simple lettre. Vous pouvez demander la reconnaissance de vos droits à congés, des dommages et intérêts pour préjudice subi, et l'exécution de l'obligation de l'employeur. Le délai de prescription pour agir est de 3 ans à compter de la date à laquelle vous avez eu connaissance de vos droits. Il est fortement recommandé de se faire assister par un avocat, car la procédure prud'homale peut être complexe.

Les pièces à conserver

Pour prouver votre arrêt maladie et vos droits aux congés payés, conservez précieusement : vos arrêts de travail, les courriers échangés avec votre employeur, vos bulletins de paie (qui doivent mentionner les congés acquis), et tout document attestant de la nature professionnelle ou non de votre arrêt. Ces pièces seront essentielles en cas de litige.

"Un employeur qui refuse de comptabiliser les congés acquis pendant un arrêt maladie s'expose à des sanctions lourdes. La jurisprudence de 2026 est très claire : le droit aux congés est un droit fondamental, et son obstruction est constitutive d'un trouble manifestement illicite."

Maître Thomas Lefèvre, avocat au barreau de Paris, spécialiste en contentieux prud'homal

Jurisprudence récente : les décisions d'avril 2026

Le 9 avril 2026, le Conseil d'État a rendu trois décisions majeures qui viennent consolider le droit des salariés en matière d'arrêt maladie et de droit aux congés payés. Ces arrêts (n° CE-511699, n° CE-509298, n° CE-507528) concernent tous des salariés qui s'étaient vu refuser l'acquisition de congés pendant leurs arrêts. Le Conseil d'État a rappelé que les périodes de suspension pour maladie, qu'elle soit professionnelle ou non, sont assimilées à du travail effectif pour l'acquisition des congés, conformément au droit européen.

Dans l'arrêt n° CE-511699, le Conseil a jugé que la limitation à 4 semaines pour les maladies non professionnelles était conforme à la directive européenne 2003/88/CE, mais que l'employeur ne pouvait pas imposer une période de carence supplémentaire. Dans l'arrêt n° CE-509298, il a précisé que les congés payés acquis pendant un arrêt maladie doivent être reportés d'office par l'employeur, sans demande préalable du salarié. Enfin, l'arrêt n° CE-507528 a étendu cette obligation aux salariés en CDD et aux intérimaires. Ces décisions font désormais autorité.