Tribunal Administratif de Marseille — Décision N° TA13-2000503

Vu les autres pièces du dossier ;

Vu :

- le code de l'environnement ;

- le code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l'audience.

Ont été entendus au cours de l'audience publique :

- le rapport de Mme C ;

- les conclusions de Mme Noire, rapporteure publique ;

- les observations de Me Victoria, pour les associations requérantes, et celles de M. F, représentant le préfet des Bouches-du-Rhône.

Considérant ce qui suit :

1. Par arrêté du 25 janvier 2013, le préfet des Bouches-du-Rhône a autorisé la société Logiprest à exploiter une plate-forme logistique comprenant deux bâtiments " SMC 6 " et " SMC 7 " à usage de stockage de matières, produits ou substances combustibles, sur la zone industrielle Bois de Leuze, au lieu-dit A de Leuze, situé sur la commune de Saint-Martin-de-Crau.

2. Par un jugement n° 1400631 du 12 janvier 2017, le Tribunal administratif de Marseille a annulé cet arrêté.

3. Par un arrêt n° 17MA00990, 17MA00996 du 12 juillet 2019, la Cour administrative d'appel de Marseille a rejeté les appels formés par la société Logiprest et la ministre de la transition écologique et solidaire contre ce jugement. Par une décision n° s 434576, 434604 du 31 mai 2021, le Conseil d'État a annulé l'arrêt du 12 juillet 2019 pour erreur de droit et renvoyé les affaires à la Cour.

4. Par un arrêt n° s 21MA02066, 21MA02074 du 31 décembre 2021, la Cour administrative d'appel de Marseille a prononcé un non-lieu à statuer sur les conclusions aux fins d'annulation du jugement du 12 janvier 2017, compte tenu de l'autorisation délivrée par le préfet des Bouches-du-Rhône à la société Logiprest par un arrêté du 18 septembre 2019 relatif à l'exploitation des deux entrepôts, lequel définit entièrement les conditions d'exploitation de ces installations et s'est substitué à l'autorisation initialement contestée, qu'il a implicitement mais nécessairement abrogé.

5. Par leur requête, l'association Agir pour la Crau, l'association Nature et Citoyenneté Crau Camargue Alpilles (NACICCA) et l'association France Nature Environnement Bouches-du-Rhône (FNE 13) demandent au Tribunal de prononcer l'annulation de l'arrêté du préfet des Bouches-du-Rhône du 18 septembre 2019 délivrant à la société Logiprest une autorisation environnementale unique pour, d'une part, l'exploitation de deux entrepôts couverts nommés " SMC6 " et " SMC7 ", et autorisant, d'autre part, une dérogation à l'interdiction de destruction de spécimens et d'habitats d'espèces animales protégées.

Sur la fin de non-recevoir opposée par la société Logiprest :

6. Aux termes de l'article R. 181-50 du code de l'environnement, dans sa rédaction applicable : " Les décisions mentionnées aux articles L. 181-12 à L. 181-15 peuvent être déférées à la juridiction administrative : 1° Par les pétitionnaires ou exploitants, dans un délai de deux mois à compter du jour où la décision leur a été notifiée ; 2° Par les tiers intéressés en raison des inconvénients ou des dangers pour les intérêts mentionnés à l'article L. 181-3, dans un délai de quatre mois à compter de : a) L'affichage en mairie dans les conditions prévues au 2° de l'article R. 181-44 ; b) La publication de la décision sur le site internet de la préfecture prévue au 4° du même article. / Le délai court à compter de la dernière formalité accomplie. Si l'affichage constitue cette dernière formalité, le délai court à compter du premier jour d'affichage de la décision. () ".

7. Les dates d'affichage en mairie et de publication de l'arrêté contesté du 18 septembre 2019 sur le site internet de la préfecture ne sont pas établies. En outre, à supposer, comme l'affirme la société Logiprest en défense, que le délai de recours contentieux contre cet arrêté ait commencé à courir le 18 septembre 2019, il venait à expiration le 20 janvier 2020, le 18 janvier 2020 étant un samedi. Dans ces conditions, le recours exercé par les associations requérantes contre cet arrêté, qui a été enregistré le 20 janvier 2020, n'est pas tardif. La fin de non-recevoir opposée à ce titre doit, dès lors, être écartée.

Sur les conclusions aux fins d'annulation de l'arrêté du 18 septembre 2019 :

8. Mme E D, signataire de l'arrêté attaqué, bénéficiait, en sa qualité de secrétaire générale de la préfecture des Bouches-du-Rhône, par un arrêté du préfet des Bouches-du-Rhône du 6 août 2019, régulièrement publié au recueil des actes administratifs de la préfecture du même jour, d'une délégation à l'effet de signer tous actes administratifs, arrêtés, décisions, circulaires, rapports et correspondances relevant des attributions de l'État dans le département des Bouches-du-Rhône, à l'exception des réquisitions de la force armée, des actes de réquisition du comptable public et des arrêtés de conflit. Par suite, le moyen tiré de l'incompétence du signataire de l'arrêté du 18 septembre 2019 manque en fait et ne peut qu'être écarté.

Sur le cadre juridique :

9. Aux termes de l'article L. 511-1 du code de l'environnement : " Sont soumis aux dispositions du présent titre les usines, ateliers, dépôts, chantiers et, d'une manière générale, les installations exploitées ou détenues par toute personne physique ou morale, publique ou privée, qui peuvent présenter des dangers ou des inconvénients soit pour la commodité du voisinage, soit pour la santé, la sécurité, la salubrité publiques, soit pour l'agriculture, soit pour la protection de la nature, de l'environnement et des paysages, soit pour l'utilisation économe des sols naturels, agricoles ou forestiers, soit pour l'utilisation rationnelle de l'énergie, soit pour la conservation des sites et des monuments ainsi que des éléments du patrimoine archéologique. () ".

10. Aux termes de l'article L. 512-1 du même code, dans sa rédaction issue de l'ordonnance du 26 janvier 2017 relative à l'autorisation environnementale, applicable en l'espèce : " Sont soumises à autorisation les installations qui présentent de graves dangers ou inconvénients pour les intérêts mentionnés à l'article L. 511-1. / L'autorisation, dénommée autorisation environnementale, est délivrée dans les conditions prévues au chapitre unique du titre VIII du livre Ier. "

11. Aux termes de l'article L. 181-1 du même code : " L'autorisation environnementale, dont le régime est organisé par les dispositions du présent livre ainsi que par les autres dispositions législatives dans les conditions fixées par le présent titre, est applicable aux activités, installations, ouvrages et travaux suivants, lorsqu'ils ne présentent pas un caractère temporaire : () 2° Installations classées pour la protection de l'environnement mentionnées à l'article L. 512-1. () ". Aux termes de l'article L. 181-2 du même code : " I.- L'autorisation environnementale tient lieu, y compris pour l'application des autres législations, des autorisations, enregistrements, déclarations, absences d'opposition, approbations et agréments suivants, lorsque le projet d'activités, installations, ouvrages et travaux relevant de l'article L. 181-1 y est soumis ou les nécessite : () 5° Dérogation aux interdictions édictées pour la conservation de sites d'intérêt géologique, d'habitats naturels, d'espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats en application du 4° du I de l'article L. 411-2 ; 6° Absence d'opposition au titre du régime d'évaluation des incidences Natura 2000 en application du VI de l'article L. 414-4 ; () ". L'article L. 181-3 de ce code prévoit notamment que " I. - L'autorisation environnementale ne peut être accordée que si les mesures qu'elle comporte assurent la prévention des dangers ou inconvénients pour les intérêts mentionnés aux articles L. 211-1 et L. 511-1, selon les cas. / II. - L'autorisation environnementale ne peut être accordée que si les mesures qu'elle comporte assurent également : / () 4° Le respect des conditions, fixées au 4° de l'article L. 411-2, de délivrance de la dérogation aux interdictions édictées pour la conservation de sites d'intérêt géologique, d'habitats naturels, des espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats, lorsque l'autorisation environnementale tient lieu de cette dérogation ; () ". Aux termes de l'article L. 181-12 du même code : " L'autorisation environnementale fixe les prescriptions nécessaires au respect des dispositions des articles L. 181-3 et L. 181-4. () ". Enfin, aux termes de l'article L. 181-14 de ce code : " Toute modification substantielle des activités, installations, ouvrages ou travaux qui relèvent de l'autorisation environnementale est soumise à la délivrance d'une nouvelle autorisation, qu'elle intervienne avant la réalisation du projet ou lors de sa mise en œuvre ou de son exploitation. () L'autorité administrative compétente peut imposer toute prescription complémentaire nécessaire au respect des dispositions des articles L. 181-3 et L. 181-4 à l'occasion de ces modifications, mais aussi à tout moment s'il apparaît que le respect de ces dispositions n'est pas assuré par l'exécution des prescriptions préalablement édictées. ".

En ce qui concerne l'étude d'impact et l'évaluation environnementale :

12. Aux termes de l'article L. 122-1 du code de l'environnement, dans sa rédaction applicable à la date de l'autorisation : " () II.- Les projets qui, par leur nature, leur dimension ou leur localisation, sont susceptibles d'avoir des incidences notables sur l'environnement ou la santé humaine font l'objet d'une évaluation environnementale en fonction de critères et de seuils définis par voie réglementaire et, pour certains d'entre eux, après un examen au cas par cas effectué par l'autorité environnementale. () III. -L'évaluation environnementale est un processus constitué de l'élaboration, par le maître d'ouvrage, d'un rapport d'évaluation des incidences sur l'environnement, dénommé ci-après " étude d'impact ", de la réalisation des consultations prévues à la présente section, ainsi que de l'examen, par l'autorité compétente pour autoriser le projet, de l'ensemble des informations présentées dans l'étude d'impact et reçues dans le cadre des consultations effectuées et du maître d'ouvrage. / L'évaluation environnementale permet de décrire et d'apprécier de manière appropriée, en fonction de chaque cas particulier, les incidences notables directes et indirectes d'un projet sur les facteurs suivants : 1° La population et la santé humaine ; 2° La biodiversité, en accordant une attention particulière aux espèces et aux habitats protégés au titre de la directive 92/43/ CEE du 21 mai 1992 et de la directive 2009/147/ CE du 30 novembre 2009 ; 3° Les terres, le sol, l'eau, l'air et le climat ; 4° Les biens matériels, le patrimoine culturel et le paysage ; 5° L'interaction entre les facteurs mentionnés aux 1° à 4°. / Les incidences sur les facteurs énoncés englobent les incidences susceptibles de résulter de la vulnérabilité du projet aux risques d'accidents majeurs et aux catastrophes pertinents pour le projet concerné. / Lorsqu'un projet est constitué de plusieurs travaux, installations, ouvrages ou autres interventions dans le milieu naturel ou le paysage, il doit être appréhendé dans son ensemble, y compris en cas de fractionnement dans le temps et dans l'espace et en cas de multiplicité de maîtres d'ouvrage, afin que ses incidences sur l'environnement soient évaluées dans leur globalité. () V. -Lorsqu'un projet est soumis à évaluation environnementale, le dossier présentant le projet comprenant l'étude d'impact et la demande d'autorisation déposée est transmis pour avis à l'autorité environnementale ainsi qu'aux collectivités territoriales et à leurs groupements intéressés par le projet. / Les avis des collectivités territoriales et de leurs groupements, dès leur adoption, ou l'information relative à l'absence d'observations émises dans le délai fixé par décret en Conseil d'Etat sont mis à la disposition du public sur le site internet de l'autorité compétente lorsque cette dernière dispose d'un tel site ou, à défaut, sur le site de la préfecture du département. / L'avis de l'autorité environnementale fait l'objet d'une réponse écrite de la part du maître d'ouvrage. / VI. -Les maîtres d'ouvrage tenus de produire une étude d'impact la mettent à disposition du public, ainsi que la réponse écrite à l'avis de l'autorité environnementale, par voie électronique au plus tard au moment de l'ouverture de l'enquête publique prévue à l'article L. 123-2 ou de la participation du public par voie électronique prévue à l'article L. 123-19. "

13. Aux termes de l'article R. 122-5 du code de l'environnement, dans sa rédaction applicable à la date de l'autorisation : " I. - Le contenu de l'étude d'impact est proportionné à la sensibilité environnementale de la zone susceptible d'être affectée par le projet, à l'importance et la nature des travaux, installations, ouvrages, ou autres interventions dans le milieu naturel ou le paysage projetés et à leurs incidences prévisibles sur l'environnement ou la santé humaine. II. - En application du 2° du II de l'article L. 122-3, l'étude d'impact comporte les éléments suivants, en fonction des caractéristiques spécifiques du projet et du type d'incidences sur l'environnement qu'il est susceptible de produire : () 2° Une description du projet, y compris en particulier : - une description de la localisation du projet ; - une description des caractéristiques physiques de l'ensemble du projet, y compris, le cas échéant, des travaux de démolition nécessaires, et des exigences en matière d'utilisation des terres lors des phases de construction et de fonctionnement ; () - une estimation des types et des quantités de résidus et d'émissions attendus, tels que la pollution de l'eau, de l'air, du sol et du sous-sol, le bruit, la vibration, la lumière, la chaleur, la radiation, et des types et des quantités de déchets produits durant les phases de construction et de fonctionnement. () 3° Une description des aspects pertinents de l'état actuel de l'environnement, dénommée "scénario de référence", et de leur évolution en cas de mise en œuvre du projet ainsi qu'un aperçu de l'évolution probable de l'environnement en l'absence de mise en œuvre du projet, dans la mesure où les changements naturels par rapport au scénario de référence peuvent être évalués moyennant un effort raisonnable sur la base des informations environnementales et des connaissances scientifiques disponibles ; 4° Une description des facteurs mentionnés au III de l'article L. 122-1 susceptibles d'être affectés de manière notable par le projet : la population, la santé humaine, la biodiversité, les terres, le sol, l'eau, l'air, le climat, les biens matériels, le patrimoine culturel, y compris les aspects architecturaux et archéologiques, et le paysage ; 5° Une description des incidences notables que le projet est susceptible d'avoir sur l'environnement résultant, entre autres : a) De la construction et de l'existence du projet, y compris, le cas échéant, des travaux de démolition ; b) De l'utilisation des ressources naturelles, en particulier les terres, le sol, l'eau et la biodiversité, en tenant compte, dans la mesure du possible, de la disponibilité durable de ces ressources ; c) De l'émission de polluants, du bruit, de la vibration, de la lumière, la chaleur et la radiation, de la création de nuisances et de l'élimination et la valorisation des déchets ; () 7° Une description des solutions de substitution raisonnables qui ont été examinées par le maître d'ouvrage, en fonction du projet proposé et de ses caractéristiques spécifiques, et une indication des principales raisons du choix effectué, notamment une comparaison des incidences sur l'environnement et la santé humaine ; 8° Les mesures prévues par le maître de l'ouvrage pour : - éviter les effets négatifs notables du projet sur l'environnement ou la santé humaine et réduire les effets n'ayant pu être évités ; - compenser, lorsque cela est possible, les effets négatifs notables du projet sur l'environnement ou la santé humaine qui n'ont pu être ni évités ni suffisamment réduits. S'il n'est pas possible de compenser ces effets, le maître d'ouvrage justifie cette impossibilité. La description de ces mesures doit être accompagnée de l'estimation des dépenses correspondantes, de l'exposé des effets attendus de ces mesures à l'égard des impacts du projet sur les éléments mentionnés au 5° ; 9° Le cas échéant, les modalités de suivi des mesures d'évitement, de réduction et de compensation proposées ; 10° Une description des méthodes de prévision ou des éléments probants utilisés pour identifier et évaluer les incidences notables sur l'environnement ; (). "

14. Il appartient au juge du plein contentieux des installations classées pour la protection de l'environnement d'apprécier le respect des règles relatives à la forme et la procédure régissant la demande d'autorisation au regard des circonstances de fait et de droit en vigueur à la date de délivrance de l'autorisation et celui des règles de fond régissant le projet en cause au regard des circonstances de fait et de droit en vigueur à la date à laquelle il se prononce. Les obligations relatives à la composition du dossier de demande d'autorisation d'une installation classée relèvent des règles de procédure. L'article R. 122-5 du code de l'environnement, dans sa rédaction alors en vigueur, définit le contenu de l'étude d'impact, qui est proportionné à la sensibilité environnementale de la zone susceptible d'être affectée par le projet, à l'importance et la nature des travaux, ouvrages et aménagements projetés et à leurs incidences prévisibles sur l'environnement ou la santé humaine.

15. En outre, les inexactitudes, omissions ou insuffisances affectant ce dossier ne sont susceptibles de vicier la procédure et ainsi d'entacher d'irrégularité l'autorisation que si elles ont eu pour effet de nuire à l'information complète de la population ou si elles ont été de nature à exercer une influence sur la décision de l'autorité administrative.

S'agissant de la description des aspects pertinents de l'état actuel de l'environnement

16. Il résulte de l'instruction que le projet de la société Logiprest consiste à finaliser des aménagements existants et à construire dans la continuité des entrepôts existants, de nouvelles cellules, tel que le prévoyait le projet initialement autorisé. L'étude d'impact a présenté l'état actuel de l'environnement, en tenant compte des travaux réalisés sur le fondement de l'autorisation de construire et de l'autorisation d'exploiter, avant qu'elles ne soient annulées pour des motifs de fond, et des dérogations au régime de protection des espèces protégées délivrées en 2012. En tenant compte de la situation de fait s'agissant de l'état de l'environnement, et des effets du projet sur ce dernier, tels qu'ils existaient au moment où elle a été réalisée, l'étude d'impact n'est ni erronée, ni entachée d'insuffisance au regard des dispositions précitées de l'article R. 122-5 du code de l'environnement.

S'agissant de la justification du projet

17. Les associations requérantes se prévalent de l'avis rendu par l'autorité environnementale le 8 mars 2019 qui préconise à la société Logiprest d'étayer la justification du projet par l'exposé d'autres solutions d'implantation afin de démontrer la recherche d'évitement des incidences.

18. L'étude d'impact réalisée par la société Logiprest expose en son point 1.1 " Historique du projet " que la société avait bénéficié d'un permis de construire délivré par le maire de la commune de Saint-Martin de Crau le 7 novembre 2012 ainsi que de l'autorisation d'exploiter délivrée par arrêté du préfet des Bouches-du-Rhône du 25 janvier 2013, à la suite de quoi elle a engagé la réalisation des travaux et la mise en service du bâtiment " SMC 6 " par la construction, comprenant six cellules, celle du bâtiment " SMC 7 ", comprenant trois cellules, celle du bassin d'infiltration des eaux pluviales, celle du parking, celle des locaux de charge, celle du local sprinkler commun aux deux bâtiments et celles de la chaufferie commune aux deux bâtiments. Elle précise que la mise en service a eu lieu entre le début de l'année 2014 et le début de l'année 2015, mais que suite à l'annulation de l'arrêté préfectoral du 12 janvier 2017, la société a été mise en demeure par un arrêté du 2 mai 2017 de régulariser la situation administrative de la plateforme logistique, soit en déposant un nouveau dossier de demande d'autorisation d'exploiter, soit en cessant ses activités et en procédant à la remise en état du site. Ayant choisi de déposer une nouvelle demande d'autorisation environnementale, l'étude d'impact précise qu'elle porte sur l'état actuel d'un site partiellement construit et déjà en activité. En son point 1.2, l'étude d'impact précise les caractéristiques du projet portant sur les installations restant à réaliser. En son point 1.5 " Compatibilité du projet avec les documents de planification ", l'étude d'impact précise que le projet de plan local d'urbanisme de la commune de Saint-Martin de Crau place le secteur du projet dans l'OAP 5 et sera situé en zone UE réservé aux activités économiques. En son point 3.5.2, l'étude d'impact expose que l'objectif d'aménagement de la zone partagé entre zone à vocation économique et d'équipement et zone à vocation agricole et naturelle est la préservation et la remise en état de la trame naturelle et agricole avec une diversification et le développement des activités. Elle précise, en son point 3.5.3.3 que l'aménagement de la zone industrielle du Bois de Leuze est planifié et structuré en différents espaces ayant leur vocation propre et qu'au Nord se situe une zone à vocation économique et d'équipement. En son point 3.8 " Évaluation du scénario de référence ", l'étude expose que le projet consiste à finaliser des aménagements existants et à construire dans la continuité des entrepôts existants, de nouvelles cellules, tel que le prévoyait le projet initialement autorisé, le site étant voué à accueillir des activités économiques. Elle précise qu'ainsi, l'évolution possible du terrain avec ou sans la réalisation du projet demeure identique puisqu'en l'absence de réalisation du projet, les terrains seraient cédés à un autre aménageur pour un usage similaire ou lié à une activité économique. En son point 6 " Description des solutions de substitution raisonnables et indication des principales raisons du choix effectué ", l'étude d'impact réitère la description de la zone industrielle du Bois de Leuze où se situe le projet et précise que cet espace jouit d'une position géostratégique privilégiée sur l'axe Espagne-Italie, au cœur d'un réseau routier performant et bénéficiant d'une desserte ferrée. Elle expose la vocation mixte de la zone industrielle, principalement tournée vers l'industrie et la logistique et la présence d'un tissu de PME actif et performant renforçant son attractivité. Son essor considérable depuis plusieurs années et l'aménagement de l'Ouest de cette zone doit être lancé sur près de 100 Ha dans le cadre d'une opération privée. Si l'étude d'impact ajoute que le projet de plateforme logistique n'a pas formellement fait l'objet de variantes, elle a toutefois fait l'objet d'adaptations et de complétements itératifs afin d'assurer une cohérence avec les différentes règlementations applicables et son intégration sur la parcelle, et, s'agissant d'une demande d'autorisation environnementale portant sur un site déjà partiellement construit et exploité, cette absence de description des solutions de substitution raisonnables qui ont été examinées n'a, en l'espèce, compte tenu des éléments ainsi exposés par l'étude d'impact, pas eu pour effet de nuire à l'information complète de la population et n'a pas été de nature à exercer une influence sur la décision de l'autorité administrative.

S'agissant de l'impact du projet sur le paysage

19. Il résulte de l'instruction que l'avis rendu par l'autorité environnementale le 8 mars 2019 préconise à la société Logiprest de présenter un plan d'aménagement paysager détaillé du projet, d'analyser son impact visuel à plusieurs échelles et de préciser les mesures d'évitement et de réduction des incidences paysagères, cohérentes avec l'enjeu du maintien des continuités écologiques sur la zone de projet, après avoir relevé que les effets cumulés en termes de paysage n'étaient pas analysés.

20. L'étude d'impact précise, en son point 1.3 " synthèse de l'état initiale " que le projet est implanté dans une zone pouvant présenter des continuités écologiques, compte tenu du projet de plan local d'urbanisme, dans une zone anthropisée marquée par l'agriculture et les plateformes logistiques de la zone industrielle du Bois de Leuze caractérisée par une forte activité de logistique, en l'absence de monument historique dans un rayon de 500 mètres et de site inscrit à proximité, en l'absence de zones de loisirs à proximité, mais en présence de zones agricoles dans l'aire d'étude ainsi que d'une zone forestière, le Bois de Leuze. Elle précise, en outre, que le réseau routier est constitué par la route départementale n° 24, la route nationale n° 113 et la route nationale n° 568 et qu'une voie ferrée de fret et voyageurs est présente au Nord du site. La topographie du site est décrite comme plane, précisant que compte tenu de la visibilité du projet il y a lieu de soigner l'intégration paysagère sur laquelle l'impact est évalué comme moyen. En son point 1.4.3 " Patrimoine historique et paysager, l'étude d'impact indique que le projet s'insère dans la zone dédiée à l'activité logistique. En son point 1.6.2 " Milieu physique ", l'étude d'impact précise que compte tenu de la topographie plane des lieux, aucun impact brut du projet n'est à relever. En son point 1.6.3 " Patrimoine historique et paysager ", l'étude indique que le projet aura un impact visuel contribuant à l'augmentation du caractère industriel du site dont la vocation d'origine était agricole, et prévoit un aménagement paysager par la plantation et la réalisation d'une haie en limite Ouest, constituant un corridor écologique.

21. L'étude d'impact présente en outre notamment, en son point 2.1 " Descriptif du projet ", une photographie du secteur Sud du site déjà aménagé et du secteur Nord en attente d'aménagement. En son point 2.3 " Utilisation des surfaces ", elle présente notamment un plan de masse des installations prévues. En son point 2.4.1 " Localisation générale " elle présente également une photographie aérienne du site. Des photographies aériennes du site, à plus grande échelle, sont présentées aux points 2.5.2.3 et 3.1 de l'étude. Des photographies des différentes parties du site sont présentées au point 3.3.2.1 " Description de la zone d'étude et des habitats naturels " de l'étude. En son point 3.4.2 " Structure paysagère du site ", l'étude d'impact décrit précisément la zone dans laquelle s'insère le projet et présente plusieurs photographies du site, depuis différentes prises de vue et localisant les installations restant à construire. En son point 3.7.2 " Interrelations des compartiments environnementaux entre eux ", l'étude d'impact précise que le projet d'insère dans une zone industrielle et logistique déjà développée et fonctionnelle qui regroupe une quarantaine d'entreprises aux activités variées sur des terrains dont la surface s'étend de 50 000 m2 à 10 Ha. En son point 5.3.5 " Impact sur le paysage ", l'étude précise que les bâtiments seront identiques aux autres entrepôts de la société Logiprest existant dans les zones industrielles Ecopole et du Bois de Leuze sur le territoire de la commune de Saint-Martin de Crau. Elle décrit précisément les caractéristiques des bâtiments à construire et présente deux documents d'insertion paysagère. Elle ajoute une description des clôtures à réaliser, des espaces boisés et des plantations à conserver ainsi que des espaces verts à traiter sur les surfaces libres en dehors des voies de circulation. Compte tenu de l'ensemble de ces éléments exposés par l'étude d'impact, cette dernière peut ainsi être regardée comme suffisante s'agissant des impacts du projet en termes paysagers.

S'agissant des impacts du projet au regard des enjeux environnementaux en présence

22. Il résulte de l'instruction que l'avis rendu par l'autorité environnementale le 8 mars 2019 préconise à la société Logiprest d'approfondir l'analyse des incidences du projet sur le réseau local de continuités écologiques, en lien avec les mesures prévues pour l'aménagement global de la zone logistique, après avoir relevé que le dossier ne présentait pas de mesure de renaturation en partie Ouest et globalement autour du site.

23. Les associations requérantes soutiennent que l'étude d'impact est insuffisante dès lors que cette dernière tend à minimiser les impacts du projet, que la mesure R4 de maintien du cordon boisé existant en bordure Sud-Ouest et de création de haies en bordure Nord et Nord-Ouest est à relativiser, que les effets cumulés du projet vont probablement causer une diminution de la taille de la population des espèces Œdicnème criard et Petit gravelot sur le secteur, que la disparition de surfaces de chasse est susceptible de constituer un report de l'activité de chasse des rapaces sur les zones voisines, dont le champ d'éoliennes, où des cas de mortalité sont avérés, que les connexions écologiques encore fonctionnelles sur le secteur ne sont pas suffisamment prises en compte et que, bien que des effets cumulatifs soient pressentis, l'étude d'impact ne présente pas de mesure de renaturation en partie Ouest et globalement autour du site.

24. L'étude d'impact présente toutefois en ses points 1.6 " Impacts du projet et mesures associées ", de manière détaillée, l'évaluation des impacts bruts du projet sur les milieux naturels, c'est-à-dire avant prise en compte des mesures d'évitement, de réduction et de compensation. Elle analyse le cumul des impacts en son point 1.6.1.4, en précisant notamment que la notion d'effets cumulés a été analysée pour chaque groupe biologique, voire pour chaque espèce, lorsque cela a été possible ou pertinent. L'étude effectue une évaluation des impacts résiduels en son point 1.6.1.5. Elle justifie le choix des espèces intégrant la démarche dérogatoire en son point 1.6.1.6 en indiquant que, malgré les précautions prises, les destructions accidentelles d'individus ne sont pas entièrement à exclure et qu'une liste de 30 espèces devant faire l'objet de la démarche dérogatoire a été remise. L'étude d'impact détaille les mesures de compensation et d'accompagnement ainsi que leur suivi, en précisant que la compensation du projet a déjà été mise en œuvre dans le cadre de la première dérogation espèces protégées obtenue en 2013, qui consistait en l'acquisition d'unités de compensation dans le programme " Cossure en plaine de Crau " sur une surface de 57 Ha représentant un budget de 1,9 millions d'euros pour la société Logiprest. Elle indique, en outre que, malgré les évolutions depuis les inventaires de 2012 des cortèges biologiques présents sur le site, les mesures d'évitement et de réduction ont permis de ramener les impacts résiduels à des niveaux ne justifiant pas de nouvelle compensation. En outre, il ne résulte pas de l'instruction que l'étude d'impact présentée à l'appui de la demande d'autorisation environnementale par la société Logiprest aurait pour but ou pour effet de minimiser les impacts du projet sur l'environnement, le pétitionnaire n'étant pas tenu de décrire l'état du site vierge de toute construction, y compris quand, comme en l'espèce, ces dernières ont été réalisées sur le fondement d'autorisations qui ont fait l'objet d'annulations contentieuses. Il n'en résulte pas non plus que le la disparition de surfaces de chasse est susceptible de constituer un report de l'activité de chasse des rapaces sur les zones voisines, dont le champ d'éoliennes, où des cas de mortalité sont avérés. En outre, si l'étude d'impact présente une mesure R4 correspondant à la création de nouveaux corridors pour les chiroptères afin d'améliorer la qualité du corridor identifié le long de la limite de parcelle, via la plantation d'une haie composée d'essences locales d'arbustes buissonnants, les sociétés requérantes n'établissent pas qu'elle serait insuffisamment justifiée par ce document. Egalement, l'étude d'impact relate, en son point 3.3.4 " Continuités écologiques : trame verte et bleue ", l'existence d'un réservoir à remettre en bon état au titre de la trame verte, celle de cœurs de nature identifiés à l'Est et à l'Ouest à proximité de la zone d'étude, en présentant une cartographie des cœurs de nature et réservoirs de biodiversité, des espaces support de continuités écologiques locales, des éléments de fragmentation linéaire, et localisant les corridors terrestres fonctionnels, dégradés ou à restaurer ainsi que les trames marine et d'interface terre-mer. Elle présente également la cartographie du schéma régional de cohérence écologique localisant les réservoirs de biodiversité, les corridors écologiques à préserver et à remettre en bon état, dont l'exactitude et la précision des données ne sont pas contredites par les requérantes.

25. S'agissant des continuités et fonctionnalités écologiques, les associations requérantes ne sont pas fondées à critiquer l'insuffisance de l'étude d'impact en ce qu'elle résulterait d'un fractionnement du projet entre ce qui a été réalisé et ce qui reste à réaliser et qu'elle éluderait ce faisant les effets des constructions déjà réalisées, dans la mesure où l'étude d'impact devait tenir compte de la situation de fait telle qu'elle existait et non de celle correspondant à l'état initial du site, ainsi que cela a été précédemment exposé au point 16 du présent jugement.

26. L'étude d'impact, présente par ailleurs, aux points 5.5.2 " Recensement des projets connue " et 5.5.3 " Analyse des effets cumulés ", un recensement de l'ensemble des projets connues dans les alentours du site d'étude, en s'appuyant sur les avis de l'autorité environnementale sur le système d'information du développement durable et de l'environnement (SIDE) des Bouches-du-Rhône et les arrêtés au titre de la loi sur l'eau, en retenant les projets localisés sur le territoire de la commune de Saint-Martin de Crau ou sur ceux des communes limitrophes et dont la durée d'instruction est inférieure à trois ans, sur la base d'une analyse réalisée le 23 avril 2018. Elle indique aussi qu'aucun projet d'aménagement n'est prévu à proximité immédiate du site de l'installation exploitée par la société Logiprest en précisant toutefois que le secteur d'étude connaît depuis une quarantaine d'années une extension urbaine étendue vers la Crau à l'Ouest et la naissance d'une urbanisation logistique important en défaveur de friches et pelouses sèches et de prairies humides, entraînant une imperméabilisation des sols conduisant à un processus d'artificialisation de la plaine de la Crau. Il n'est pas établi que l'analyse des effets cumulés du projet serait insuffisante.

27. Si les associations requérantes critiquent l'insuffisance de l'étude d'impact produite par la société Logiprest à l'appui de sa demande d'autorisation, en la comparant à celle réalisée en 2011 dans le cadre de la procédure de la première demande de d'autorisation d'exploiter, et en soutenant que les travaux réalisés sur le fondement de précédentes autorisations pourtant annulées par la juridiction sont à l'origine de la raréfaction de l'espèce Bupreste de Crau et de la disparition sur l'emprise du site de l'espèce Outarde canepetière, l'étude d'impact devait tenir compte de la situation de fait telle qu'elle existait et non de celle correspondant à l'état initial du site, ainsi que cela a été précédemment exposé au point 16 du présent jugement.

28. Les associations requérantes n'établissent par la production d'aucune étude que les effets cumulés du projet pourraient provoquer une diminution de la taille de la population des espèces Œdicnème criard et Petit gravelot sur le secteur, traduisant sur ce point une insuffisance de l'étude d'impact. En outre, elles ne sont pas fondées à soutenir que l'étude d'impact serait insuffisante s'agissant de l'évaluation des impacts bruts et résiduels sur ces deux espèces, compte tenu des constats et analyses présentés dans le volet naturel de l'étude d'impact, en annexe 3, réalisée par le bureau d'études Eco-Med qui recense les enjeux écologiques dans la zone d'étude entre 2016 et 2017.

29. Les constats et analyses, présentés par le volet naturel de l'étude d'impact sont également suffisamment précis s'agissant des enjeux écologiques représentés par les espèces Bupreste de Crau et Milan noir et des impact brut et résiduel du projet sur ces espèces.

30. Enfin, l'étude d'impact identifie, en ses points 2.5.2.1 " Présentation générale des rejets atmosphériques engendrés par le fonctionnement des installations et l'exploitation de la plateforme logistique " et 2.5.2.2 " Estimation et caractérisation du trafic généré par le projet ", la nature des rejets atmosphériques générés d'une part par l'activité d'entreposage, en précisant qu'aucune opération de brûlage de déchets et de stockage de produits pulvérulents en vrac ne sera effectuée sur le site, et d'autre part par le trafic de poids-lourds et de véhicules légers. L'étude procède à une estimation de ce trafic, sur la base de 150 poids-lourds par jour en entrée/sortie et des véhicules légers des 450 employés sur le site. L'étude d'impact identifie également, en son point 2.5.2.3, les itinéraires empruntés par les véhicules et quantifie les polluants émis par le trafic induit par le projet à partir des données du logiciel " Impact-Ademe 2.0 ". Dans ces conditions, les associations requérantes ne sont pas fondées à critiquer l'insuffisance de l'étude d'impact s'agissant de la description des facteurs susceptibles d'être affectés de manière notable par le projet mentionnés au 4e de l'article R. 122-5 du code de l'environnement.

31. Compte tenu de l'ensemble de ces éléments exposés par l'étude d'impact, cette dernière peut ainsi être regardée comme suffisante s'agissant de l'évaluation des impacts du projet au regard des enjeux environnementaux en présence.

En ce qui concerne l'évaluation des incidences Natura 2000 :

32. Aux termes de l'article L. 414-4 du code de l'environnement : " I. - Lorsqu'ils sont susceptibles d'affecter de manière significative un site Natura 2000, individuellement ou en raison de leurs effets cumulés, doivent faire l'objet d'une évaluation de leurs incidences au regard des objectifs de conservation du site, dénommée ci-après " Evaluation des incidences Natura 2000 " : () 2° Les programmes ou projets d'activités, de travaux, d'aménagements, d'ouvrages ou d'installations ; (). ". Aux termes de l'article R. 414-23 du même code : " Le dossier d'évaluation des incidences Natura 2000 est établi, s'il s'agit d'un document de planification, par la personne publique responsable de son élaboration, s'il s'agit d'un programme, d'un projet ou d'une intervention, par le maître d'ouvrage ou le pétitionnaire, enfin, s'il s'agit d'une manifestation, par l'organisateur. / Cette évaluation est proportionnée à l'importance du document ou de l'opération et aux enjeux de conservation des habitats et des espèces en présence. / I. Le dossier comprend dans tous les cas : 1° Une présentation simplifiée du document de planification, ou une description du programme, du projet, de la manifestation ou de l'intervention, accompagnée d'une carte permettant de localiser l'espace terrestre ou marin sur lequel il peut avoir des effets et les sites Natura 2000 susceptibles d'être concernés par ces effets ; () ; 2° Un exposé sommaire des raisons pour lesquelles le document de planification, le programme, le projet, la manifestation ou l'intervention est ou non susceptible d'avoir une incidence sur un ou plusieurs sites Natura 2000 ; dans l'affirmative, cet exposé précise la liste des sites Natura 2000 susceptibles d'être affectés, compte tenu de la nature et de l'importance du document de planification, ou du programme, projet, manifestation ou intervention, de sa localisation dans un site Natura 2000 ou de la distance qui le sépare du ou des sites Natura 2000, de la topographie, de l'hydrographie, du fonctionnement des écosystèmes, des caractéristiques du ou des sites Natura 2000 et de leurs objectifs de conservation. / II. Dans l'hypothèse où un ou plusieurs sites Natura 2000 sont susceptibles d'être affectés, le dossier comprend également une analyse des effets temporaires ou permanents, directs ou indirects, que le document de planification, le programme ou le projet, la manifestation ou l'intervention peut avoir, individuellement ou en raison de ses effets cumulés avec d'autres documents de planification, ou d'autres programmes, projets, manifestations ou interventions dont est responsable l'autorité chargée d'approuver le document de planification, le maître d'ouvrage, le pétitionnaire ou l'organisateur, sur l'état de conservation des habitats naturels et des espèces qui ont justifié la désignation du ou des sites. / III. S'il résulte de l'analyse mentionnée au II que le document de planification, ou le programme, projet, manifestation ou intervention peut avoir des effets significatifs dommageables, pendant ou après sa réalisation ou pendant la durée de la validité du document de planification, sur l'état de conservation des habitats naturels et des espèces qui ont justifié la désignation du ou des sites, le dossier comprend un exposé des mesures qui seront prises pour supprimer ou réduire ces effets dommageables. / IV. Lorsque, malgré les mesures prévues au III, des effets significatifs dommageables subsistent sur l'état de conservation des habitats naturels et des espèces qui ont justifié la désignation du ou des sites, le dossier d'évaluation expose, en outre : 1° La description des solutions alternatives envisageables, les raisons pour lesquelles il n'existe pas d'autre solution que celle retenue et les éléments qui permettent de justifier l'approbation du document de planification, ou la réalisation du programme, du projet, de la manifestation ou de l'intervention, dans les conditions prévues aux VII et VIII de l'article L. 414-4 ; 2° La description des mesures envisagées pour compenser les effets dommageables que les mesures prévues au III ci-dessus ne peuvent supprimer. Les mesures compensatoires permettent une compensation efficace et proportionnée au regard de l'atteinte portée aux objectifs de conservation du ou des sites Natura 2000 concernés et du maintien de la cohérence globale du réseau Natura 2000. Ces mesures compensatoires sont mises en place selon un calendrier permettant d'assurer une continuité dans les capacités du réseau Natura 2000 à assurer la conservation des habitats naturels et des espèces. Lorsque ces mesures compensatoires sont fractionnées dans le temps et dans l'espace, elles résultent d'une approche d'ensemble, permettant d'assurer cette continuité ; 3° L'estimation des dépenses correspondantes et les modalités de prise en charge des mesures compensatoires, qui sont assumées, pour les documents de planification, par l'autorité chargée de leur approbation, pour les programmes, projets et interventions, par le maître d'ouvrage ou le pétitionnaire bénéficiaire, pour les manifestations, par l'organisateur bénéficiaire. ".

33. Une évaluation des incidences sur le réseau Natura 2000 figure en annexe 4 de l'étude d'impact réalisée par le bureau d'études Eco-Med. Cette étude, qui s'appuie sur l'état du site existant après réalisation des travaux sur le fondement des précédentes autorisations, relève que l'emprise du projet n'est pas située dans le périmètre d'une zone Natura 2000, d'une zone spéciale de conservation (ZSC), d'une zone de protection spéciale (ZPS) ni dans la zone naturelle d'intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF) de type 1 " Crau sèche ". Après analyse de l'état du site, prospections des habitats naturels, de la flore et de la faune, et évaluation des atteintes résiduelles sur les espèces présentes dans chaque site Natura 2000, l'étude retient qu'au regard des atteintes résiduelles de niveau très faibles à faibles sur les différents éléments évalués, le projet de finalisation de la plateforme logistique a une incidence non notable dommageable sur la ZPS FR9312001 " Marais entre Crau et grand Rhône " et qu'il ne portera pas atteinte à l'état de conservation des habitats et des espèces d'intérêt communautaire qui ont justifié la désignation de la ZPS, sous réserve de l'application des mesures d'atténuation. Elle retient également que le projet ne génère pas d'incidence notable dommageables sur les espèces d'intérêt communautaire qui ont justifié la désignation des ZSC FR9301595 " Crau centrale -Crau sèche ", FR9301596 " Marais de la Vallée des Baux et marais d'Arles " et des ZPS FR9310064 " Crau " et FR9312001 " Marais entre Crau et grand Rhône ", et qu'il n'y a donc pas lieu de justifier l'absence de solutions alternatives de moindre incidence, de prouver que le projet est d'intérêt général et ce pour des raisons impératives, ni de prévoir de mesures compensatoires.

34. L'évaluation des incidences Natura 2000 réalisée à l'appui de la demande d'autorisation se fonde sur l'état actuel du site, en tenant compte des travaux réalisés sur le fondement de l'autorisation de construire et de l'autorisation d'exploiter, avant qu'elles ne soient annulées pour des motifs de fond. En se fondant sur la situation de fait s'agissant de l'état de l'environnement, telle qu'elle existait au moment où elle a été réalisée, l'évaluation des incidences Natura 2000 n'est ni erronée, ni entachée d'insuffisance au regard des dispositions précitées de l'article R. 414-23 du code de l'environnement et apparaît proportionnée à l'importance du projet et aux enjeux de conservation des habitats et des espèces en présence.

En ce qui concerne l'atteinte aux intérêts protégés par l'article L. 511-1 du code de l'environnement :

35. Dans l'exercice de ses pouvoirs de police administrative en matière d'installations classées pour la protection de l'environnement, il appartient à l'autorité administrative d'assortir l'autorisation d'exploiter délivrée en application de l'article L. 512-1 du code de l'environnement des prescriptions de nature à assurer la protection des intérêts mentionnés à l'article L. 511-1 du même code, en tenant compte des conditions d'installation et d'exploitation précisées par le pétitionnaire dans le dossier de demande, celles-ci comprenant notamment les engagements qu'il prend afin d'éviter, réduire et compenser les dangers ou inconvénients de son exploitation pour ces intérêts.

36. Les association requérantes soutiennent que par son arrêt rendu le 12 juillet 2019 annulant l'autorisation d'exploiter délivrée à la société Logiprest le 25 janvier 2013, la Cour administrative d'appel de Marseille a jugé que le projet critiqué, qui demeure selon elles le même que celui autorisé par l'arrêté du 18 septembre 2019 en litige, doit être regardé comme portant au milieu naturel et à l'environnement, intérêts protégés à l'article L. 511-1 du code de l'environnement, des atteintes qu'aucune prescription ne permettrait d'éviter et ne pouvait de ce fait être légalement accordée. Cet arrêt a cependant été annulé, comme exposé au point 1 du présent jugement, par la décision n°s 434576, 434604 du 31 mai 2021 du Conseil d'État.

37. Il résulte de l'instruction que la création de la plateforme logistique faisant l'objet de l'autorisation environnementale délivrée à la société Logiprest par l'arrêté en litige du 18 septembre 2019 pourrait entraîner des impacts bruts limités sur les espèces du cortège batrachologique, un risque de destruction ne pouvant être totalement écarté. Le projet est également de nature à entraîner des impacts modérés sur le Bupreste de Crau, des impacts faibles sur l'Hespérie de la Balotte, avec diminution du nombre d'individus et d'habitats d'espèce. Les impacts du projet sur les espèces de reptiles recensées ont été évalués comme non significatifs ou faibles pour le Lézard ocellé, la Couleuvre à échelons et la Couleuvre vipérine, et très faibles pour le Lézards des murailles. Il en résulte en outre, que le projet est susceptible d'entraîner des impacts faibles sur le Coucou geai, des impacts modérés sur le Petit gravelot, l'Eodicnème criard et le Cochevis huppé, des impacts très faibles sur la Buse variable, le Milan noir, le Milan royal et le Traquet motteux. En outre, compte tenu des zones d'emprise, les principaux d'impacts concernant les chiroptères avérées et potentielles, liés à une altération de zones de transit, ont été jugés très faibles. Également, les impacts du projet sur le Hérisson d'Europe ont été évalués comme faibles.

38. Il résulte par ailleurs de l'instruction que la réalisation de la plateforme logistique globale avait initialement fait l'objet de dérogations préfectorale et ministérielle à la protection des espèces, que les mesures d'évitement, de réduction et d'accompagnement prescrites ont été mises en œuvre à hauteur de l'avancement du projet, et que la mesure de compensation en faveur de l'Outarde canepetière, de l'Œdicnème criard, du Cochevis huppé, du bruant proyer et du Lézard ocellé, visant à acquérir des unités de compensation auprès de la CDC Biodiversité à l'échelle de la réserve d'actifs naturels du domaine de Cossure, a été intégralement réalisée.

39. L'arrêté du 18 septembre 2019 liste les mesures d'atténuation et de suivi et d'accompagnement des impacts prises intégralement en charge par la société Logiprest conformément aux propositions faites dans sa demande de dérogation.

40. L'article 11.1.2.1 de l'arrêté du 18 septembre 2019 précise deux mesures d'évitement E1, E2, et six mesures de réduction R1, R2, R3, R4, R5 et R6, dont il n'est pas établi qu'elles seraient insuffisantes pour atténuer les impacts du projet sur les espèces protégées identifiées sur le site. Ces mesures sont assorties de mesures de suivi, définies à l'article 11.1.2.2 de l'arrêté, imposant notamment à la société Logiprest de procéder à un suivi annuel sur 30 ans des espèces fréquentant la zone d'implantation du site.

41. Compte tenu des mesures d'évitement, de réduction, d'accompagnement et de suivi que la société Logiprest s'engage a` mettre en œuvre dans le cadre du projet, les prescriptions imposées par l'arrêté préfectoral du 18 septembre 2019 apparaissent suffisantes pour garantir le maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces protégées concernées et permettent de garantir l'absence d'atteinte de perte nette de biodiversité.

42. En outre, les associations requérantes soutiennent que le préfet des Bouches-du-Rhône n'a pas tenu compte des conclusions de l'évaluation des incidences Natura 2000 s'agissant des effets cumulatifs dommageables au regard des objectifs de conservation de la ZPS " Crau ".

43. L'évaluation des incidences Natura 2000 réalisée par le bureau d'étude Eco-Med et jointe à l'étude d'impact déposée par la société Logiprest, expose que, dans le secteur d'étude, les milieux ouverts (naturels ou d'origine anthropique) ont fortement régressé depuis l'urbanisation progressive du secteur du Bois de Leuze, et que les espèces d'affinités steppiques présentes historiquement dans ce secteur ont vu la superficie de leurs habitats d'espèce se réduire significativement.

44. Toutefois, la même étude expose, d'une part, que le lien entre la zone d'emprise du projet et la ZPS " Crau " est existant et fonctionnel, que l'impact du projet sur l'état de conservation de la population de l'espèce Œdicnème criard est faible, au vu de la très faible proportion d'individus, et qu'afin d'éviter tout dérangement des individus présents dans la zone d'emprise, les travaux de défrichement et de terrassement devraient débuter en dehors des périodes de reproduction de l'espèce Œdicnème criard (entre mars et septembre). L'étude, d'autre part, précise également que l'impact du projet sur l'état de conservation de la population des espèces Milan noir, Milan royal et Mouette rieuse est très faible, au vu de la très faible proportion d'individus concernées par le projet.

45. La mesure R1 prévue par l'article 11.1.2.1 de l'arrêté en litige, prévoit l'adaptation du calendrier des travaux avec un démarrage des travaux à partir de mi-septembre, afin de minimiser les impacts sur des potentielles nichées d'oiseaux, répond, dans ces conditions, aux préconisations de l'évaluation des incidences Natura 2000.

46. Ensuite, les associations requérantes soutiennent qu'aucune mesure d'évitement, de réduction ou de compensation n'est prévue par l'arrêté attaqué, s'agissant des émissions de gaz à effet de serre induites par le projet et qu'aucun objectif n'est fixé en ce sens par l'autorisation litigieuse.

47. Toutefois, d'une part, l'arrêté en litige prescrit dans son article 3.1.5 " Émissions diffuses et envols de poussières " que les voies de circulation sont entièrement goudronnées ou revêtues, que toutes les dispositions sont prises afin que le site ne soit pas à l'origine d'émissions diffuses et d'envols de poussières et interdit tout stockage à l'air libre de produits susceptibles d'émettre des poussières diffuses. L'article 3.2.1 de l'arrêté dispose notamment que les rejets à l'atmosphère sont, dans toute la mesure du possible, collectés et évacués, après traitement éventuel, par l'intermédiaire de cheminées pour permettre une bonne diffusion des rejets, que les poussières, gaz polluants ou odeurs sont, dans la mesure du possible, captés à la source et canalisés, que les conduit s d'évacuation des effluents atmosphériques nécessitant un suivi doivent être aménagés de manière à permettre des mesures représentatives des émissions de polluants à l'atmosphère et prescrit le respect des normes NF 44-052 et EN 13284-1 ou toute autre norme européenne ou internationale équivalente. Son article 3.2.3 définit les valeurs limites des concentrations dans les rejets atmosphériques issus des installations. Le chapitre 10 de l'arrêté définit les modalités d'exercice et le contenu de l'auto-surveillance, suivant les méthodes d'analyses définies par l'arrêté du 7 juillet 2009 relatif aux modalités d'analyse dans l'air et dans l'eau dans les ICPE.

48. D'autre part, la demande d'autorisation d'exploiter présentée par la société Logiprest, prévoit d'établir et de mettre en œuvre un " plan de déplacement entreprise " visant à réduire l'impact induit par le trafic routier généré par les 450 employés sur le site. Et l'article 1.3.1 de l'arrêté en litige prévoit que les installations et leurs annexes doivent être disposées, aménagées et exploités conformément aux éléments figurant dans les différents dossiers déposés par le pétitionnaire et respecter les éventuels arrêtés complémentaires ainsi que les autres réglementations en vigueur. Par suite, les associations requérantes ne sont pas fondées à soutenir que l'absence de prescription visant à réduire les émissions de gaz à effet de serre entacherait l'arrêté en litige d'insuffisance.

En ce qui concerne la dérogation au régime de protection des espèces protégées :

49. L'article L. 411-1 du code de l'environnement prévoit, lorsque les nécessités de la préservation du patrimoine naturel justifient la conservation d'espèces animales non domestiques, l'interdiction de " 1° La destruction ou l'enlèvement des œufs ou des nids, la mutilation, la destruction, la capture ou l'enlèvement, la perturbation intentionnelle, la naturalisation d'animaux de ces espèces ou, qu'ils soient vivants ou morts, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur détention, leur mise en vente, leur vente ou leur achat / 2° La destruction, la coupe, la mutilation, l'arrachage, la cueillette ou l'enlèvement de végétaux de ces espèces, de leurs fructifications ou de toute autre forme prise par ces espèces au cours de leur cycle biologique, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur mise en vente, leur vente ou leur achat, la détention de spécimens prélevés dans le milieu naturel ; / 3° La destruction, l'altération ou la dégradation de ces habitats naturels ou de ces habitats d'espèces () ". Le I de l'article L. 411-2 du même code renvoie à un décret en Conseil d'Etat la détermination des conditions dans lesquelles sont fixées, notamment : " 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l'article L. 411-1, à condition qu'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante, pouvant être évaluée par une tierce expertise menée, à la demande de l'autorité compétente, par un organisme extérieur choisi en accord avec elle, aux frais du pétitionnaire, et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle : () / c) Dans l'intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou pour d'autres raisons impératives d'intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et pour des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l'environnement ; () ".

50. Il résulte de ces dispositions qu'un projet d'aménagement ou de construction d'une personne publique ou privée susceptible d'affecter la conservation d'espèces animales ou végétales protégées et de leurs habitats ne peut être autorisé, à titre dérogatoire, que s'il répond, par sa nature et compte tenu des intérêts économique et sociaux en jeu, à une raison impérative d'intérêt public majeur. En présence d'un tel intérêt, le projet ne peut cependant être autorisé, eu égard aux atteintes portées aux espèces protégées appréciées en tenant compte des mesures de réduction et de compensation prévues, que si, d'une part, il n'existe pas d'autre solution satisfaisante et, d'autre part, cette dérogation ne nuit pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle.

51. L'article 11 de l'arrêté attaqué accorde au projet litigieux une dérogation sur le fondement des dispositions précitées de l'article L. 411-2 du code de l'environnement, cette dérogation portant sur des atteintes tenant à la destruction de spécimens, à la perturbation intentionnelle et à la destruction d'habitats des espèces Pélodyte ponctué, Crapaud calamite, Rainette méridionale, Lézard ocellé, Couleuvre à échelons, Couleuvre vipérine, Lézard des murailles, Couleuvre de Montpellier, Tarente de Maurétanie, Œdicnème criard, Petit gravelot, Coucou geai, Buse variable, Traquet motteux, Cochevis huppé, Bruant proyer, Faucon crécerelle, Linotte mélodieuse, Pipit farlouse, Bergeronnette grise, Rouge-queue noir, Fauvette mélancéphale, Pouillot véloce, Choucas des tours, Moineau domestique, Serin cini, Pinson des arbres, verdier d'Europe, Chardonneret élégant et Hérisson d'Europe.

52. En l'espèce, si, ainsi qu'il a été exposé au point 36 du présent jugement, l'achèvement du projet de la société Logiprest implique la destruction, l'altération ou la dégradation d'habitats d'espèces protégées et la destruction et la perturbation intentionnelle de spécimens d'espèces animales protégées au titre de l'article L. 411-1 du code de l'environnement, espèces au sujet desquelles les inventaires réalisés dans le cadre de la demande d'autorisation environnementale susvisée ont mis en évidence la présence, le préfet des Bouches-du-Rhône a toutefois considéré que la réalisation de ces entrepôts répond à une raison d'intérêt public majeur de nature économique, aux motifs que l'activité commerciale afférente favorisera le développement économique et la création de 450 emplois (directs ou indirects) au niveau local.

53. Il résulte de l'instruction que les activités d'entreposage et de prestation logistique exploitées sur le site par la société Logiprest génèrent actuellement l'emploi de 308 personnes en contrat à durée indéterminée ou en contrat à durée déterminée, sans pour autant qu'il soit possible de faire la part entre ces deux types de contrats, ainsi que de 225 intérimaires. Il en résulte également que le projet s'insère dans une zone à vocation économique et d'équipement dont l'aménagement est planifié et structuré et que la zone industrielle du Bois de Leuze, où est implanté le projet de la société Logiprest, est principalement tournée vers l'industrie et la logistique, et caractérisée par la présence d'un tissu de PME actif et performant renforçant son attractivité. Toutefois, dès lors qu'il ne résulte pas de l'instruction que le contexte économique et la situation de l'emploi au plan local présenteraient un caractère particulièrement dégradé, notamment par rapport à la moyenne nationale, le projet autorisé ne peut être regardé comme répondant à une raison impérative d'intérêt public majeur, première des trois conditions cumulatives fixées au c) du 4° du I de l'article L. 411-2 du code de l'environnement, quand bien même la filière logistique représente un enjeu économique national. Par suite, le moyen tiré de la méconnaissance de ces dispositions doit être accueilli.

54. En raison du caractère cumulatif des conditions posées à la légalité des dérogations permises par l'article L. 411-2 du code de l'environnement, à supposer que la dérogation en litige permettrait le maintien dans un état de conservation favorable des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle et répondrait à l'exigence de l'absence de solution alternative satisfaisante, la dérogation accordée, méconnaît ces dispositions dès lors qu'elle ne répond pas, comme il a été dit ci-dessus, à des raisons impératives d'intérêt public majeur. En revanche, ce motif ne vicie l'autorisation environnementale en litige qu'en tant qu'elle incorpore cette dérogation, divisible du reste de l'autorisation.

55. Il résulte de tout ce qui précède que l'arrêté du préfet des Bouches-du-Rhône du 18 septembre 2019 doit être annulé, seulement en tant qu'il vaut dérogation aux interdictions prévues à l'article L. 411-1 du code de l'environnement.

En ce qui concerne la mise en œuvre des dispositions de l'article L. 181-18 du code de l'environnement :

56. En vertu du I de l'article L. 181-18 du code de l'environnement : " I.- Le juge administratif qui, saisi de conclusions dirigées contre une autorisation environnementale, estime, après avoir constaté que les autres moyens ne sont pas fondés : 1° Qu'un vice n'affecte qu'une phase de l'instruction de la demande d'autorisation environnementale, ou une partie de cette autorisation, peut limiter à cette phase ou à cette partie la portée de l'annulation qu'il prononce et demander à l'autorité administrative compétente de reprendre l'instruction à la phase ou sur la partie qui a été entachée d'irrégularité ; 2° Qu'un vice entraînant l'illégalité de cet acte est susceptible d'être régularisé par une autorisation modificative peut, après avoir invité les parties à présenter leurs observations, surseoir à statuer jusqu'à l'expiration du délai qu'il fixe pour cette régularisation. Si une telle autorisation modificative est notifiée dans ce délai au juge, celui-ci statue après avoir invité les parties à présenter leurs observations. ".

57. Le vice tiré de ce que l'autorisation de dérogation litigieuse n'est pas justifiée par une raison impérative d'intérêt public majeur n'est pas susceptible d'être régularisé. En conséquence, il n'y a pas lieu de faire application du 1° du I de l'article L. 181-18 du code de l'environnement.

58. En vertu du II de l'article L. 181-18 du code de l'environnement : " II.- En cas d'annulation ou de sursis à statuer affectant une partie seulement de l'autorisation environnementale, le juge détermine s'il y a lieu de suspendre l'exécution des parties de l'autorisation non viciées ".

59. Les dispositions précitées prévoient que le juge, en cas d'annulation affectant une partie seulement de l'autorisation environnementale, détermine s'il y a lieu de suspendre l'exécution des parties non viciées de celle-ci. Lorsqu'il envisage une telle suspension, il appartient au juge de prendre en compte, pour déterminer l'opportunité de telles mesures, l'ensemble des éléments de l'espèce, notamment la nature et la portée de l'illégalité en cause, les considérations d'ordre économique et social ou tout autre motif d'intérêt général pouvant justifier la poursuite de l'exploitation, des activités ou des travaux et l'atteinte éventuellement causée par ceux-ci aux intérêts mentionnés aux articles L. 181-3 et L. 181-4 du code l'environnement ou à d'autres intérêts publics et privés.

60. Il y a lieu, en l'état de l'instruction, au vu du vice constaté au point 50 du présent jugement et en l'absence de considérations d'intérêt général ou économiques suffisantes justifiant la poursuite de l'exploitation de l'installation autorisée, de mettre en œuvre les pouvoirs qui en résultent et de suspendre l'exécution de l'arrêté du préfet des Bouches-du-Rhône du 18 septembre 2019, en tant qu'il autorise le projet au titre de la législation des installations classées pour la protection de l'environnement, le cas échéant jusqu'à ce que le préfet ait fait usage des pouvoirs qu'il tient de l'article L. 171-7 du code de l'environnement en édictant des mesures conservatoires, afin de tenir compte notamment des atteintes portées aux espèces protégées sur le fondement de la dérogation illégale.

Sur les frais exposés dans l'instance :

61. Il y a lieu, en application de l'article L. 761-1 du code de justice administrative de mettre à la charge de l'Etat et de la société Logiprest, la somme de 1 000 euros chacun au titre des frais exposés par l'association Agir pour la Crau, l'association Nature et Citoyenneté Crau Camargue Alpilles (NACICCA) et l'association France Nature Environnement Bouches-du-Rhône (FNE 13) et non compris dans les dépens.

62. Ces mêmes dispositions font obstacle à ce que soit mise à la charge des associations requérantes, qui ne sont pas parties perdantes, la somme demandée par la société Logiprest au titre des frais exposés par elle et non compris dans les dépens.

Sur l'application de l'article R. 741-12 du code de justice administrative :

63. Les conclusions de la société Logiprest tendant à ce que le Tribunal inflige aux associations requérantes une amende pour recours abusif, laquelle relève du pouvoir propre du juge, sont irrecevables et ne peuvent qu'être rejetées.

D E C I D E :

Article 1er : L'arrêté du 18 septembre 2019 est annulé en tant qu'il vaut dérogation aux interdictions prévues à l'article L. 411-1 du code de l'environnement.

Article 2 : L'exécution de l'arrêté du préfet des Bouches-du-Rhône du 18 septembre 2019 est suspendue en ce qu'il autorise le projet au titre de la législation des installations classées pour la protection de l'environnement, le cas échéant jusqu'à ce que le préfet ait fait usage des pouvoirs qu'il tient de l'article L. 171-7 du code de l'environnement en édictant des mesures conservatoires, afin de tenir compte notamment des atteintes portées aux espèces protégées sur le fondement de la dérogation illégale.

Article 3 : L'Etat et la société Logiprest verseront chacun la somme globale de 1 000 (mille) euros à l'association Agir pour la Crau, à l'association Nature et Citoyenneté Crau Camargue Alpilles et à l'association France Nature Environnement Bouches-du-Rhône en application de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.

Article 4 : Le surplus des conclusions des parties est rejeté.

Article 5 : Le présent jugement sera notifié à l'association Agir pour la Crau, à l'association Nature et Citoyenneté Crau Camargue Alpilles (NACICCA), à l'association France Nature Environnement Bouches-du-Rhône (FNE 13), à la SARL Logiprest et à la ministre de la transition écologique et solidaire.

Copie en sera adressée au préfet des Bouches-du-Rhône.

Délibéré après l'audience du 23 juin 2022, à laquelle siégeaient :

Mme Josset, présidente,

Mme Rigaud, première conseillère,

Mme Gavalda, première conseillère,

Assistées de M. Pierre Giraud, greffier.

Rendu public par mise à disposition au greffe le 7 juillet 2022.

La rapporteure,

signé

L. CLa présidente,

signé

M. B

Le greffier,

signé

P. GIRAUD

La République mande et ordonne au préfet des Bouches-du-Rhône en ce qui le concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l'exécution de la présente décision.

Pour expédition conforme,

Pour le greffier en chef,

Le greffier,